پس از حمله قبلی گودزیلا، یک مسابقه تسلیحاتی کوچک برای جمع‌آوری سلول‌های او آغاز می‌شود. دولت ژاپن که نگران بازگشت احتمالی گودزیلا است، از این سلول‌ها برای ساخت یک سلاح زیستی جدید به نام ANEB (باکتری انرژی ضد هسته‌ای) استفاده می‌کند. آن‌ها از یک متخصص ژنتیک به نام گنشیرو شیراگامی کمک می‌خواهند که آزمایش‌های او منجر به یک جهش ژنتیکی جدید می‌شود.

پس از وقایع سریال تلویزیونی، یوکو گودای ۱۸ ساله نام مستعار خود یعنی ساکی آسامیا را کنار گذاشته تا به زندگی عادی بازگردد و اکنون در حال مطالعه برای امتحانات ورودی دانشگاه است. با این حال، او به طور تصادفی با مرد جوانی به نام کازوئو هاگیوارا برخورد می‌کند که در حال فرار از دست گروهی از آدمکش‌هاست. یوکو متوجه می‌شود که او از آکادمی سانکو آمده است؛ مدرسه‌ای خصوصی در جزیره‌ای دورافتاده که به «قلعه جهنم» معروف است. مدرسه توسط یک انقلابی سابق به نام هاتوری اداره می‌شود که تصور می‌شد مرده است؛ او سعی دارد دانش‌آموزان را شست‌وشوی مغزی داده و به تروریست‌هایی تبدیل کند که در کودتای فاشیستی او در ژاپن به وی کمک کنند.